Wat is Distributed Computing?

Bakerlab van The University of Washington is bezig met onderzoek naar het vouwen van eiwitten. Eiwitten zijn erg belangrijke stoffen, ze regelen bijna alles in het lichaam van organismen. Eiwitten worden door het lichaam gemaakt aan de hand van DNA. Het is echter heel moeilijk om de eiwitstructuur, samen met de functie van het eiwit, aan de hand van die DNA streng te voorspellen. Als we dit zouden kunnen doen, zou het een enorme sprong vooruit zijn voor onderzoek naar ziektes als malaria, borstkanker en HIV. Bakerlab ontwikkelt een algoritme om eiwitten toch efficiënt en accuraat te voorspellen. Voor het ontwikkelen en testen van dit algoritme hebben ze alleen veel rekenkracht nodig, heel veel. Meer dan een doorsnee supercomputer kan leveren. En een supercomputer kost ook nog eens enkel miljoenen aan stroom alleen al, iets wat Bakerlab niet makkelijk kan betalen.

Nou zit jij ook achter een computer. Consumentencomputers bezitten tegenwoordig ook heel veel rekenkracht. En omdat je op dit moment zit te internetten, gebruik je waarschijnlijk niet eens 5% van de rekenkracht van je computer. Die overige 95% zou Bakerlab voor zijn onderzoek heel goed kunnen gebruiken. En dat kan ook, door de client van Rosetta@home, zoals het distributed computing project van Bakerlab heet, te downloaden en te installeren. Dit programmaatje download steeds een klein stukje rekenwerk van de servers van Rosetta@home en gaat het vervolgens door rekenen. Je computer wordt overigens niet langzamer, omdat Rosetta alleen de ongebruikte rekenkracht gebruikt. Als het werk klaar is, stuurt de client de resultaten terug naar de server.

Op dit moment hebben er duizenden en duizenden mensen de client van Rosetta@home geïnstalleerd. Hierdoor beschik Bakerlab over een reusachtige virtuele supercomputer, waardoor ze hun onderzoek, en dus de bestrijding van ernstige ziekten, kunnen versnellen.

Waarom zou ik hieraan meedoen?

De meeste mensen beginnen met distributed computing omdat ze denken: 'Ach, als er iemand baat bij heeft, en ik heb er geen last van, waarom niet?' Echter hebben we maar al te vaak gemerkt dat de nieuwsgierigheid er toch voor zorgt dat mensen verder lezen. En op een gegeven moment ontdekken ze de statistieken. Voor al het rekenwerk dat je doet krijg je namelijk punten. Gebruikers organiseren zich in teams en subteams, zoals Radiation. Je bent steeds benieuwd hoe goed je het doet... En voor je het weet ben je verslaafd aan de stats. Je probeert extra computers te rekruteren voor jouw project. Er zijn dus kort samengevat twee redenen om mee te doen: idealisme en teamplay. De meeste mensen beginnen vanwege het goede doel, maar blijven vanwege de statistieken en de gezellige sfeer op de forums.

En wat heeft Radiation hiermee te maken?

Radiation is een subteam van de Dutch Power Cows, kortweg DPC. DPC is een overkoepeld Nederlands en Belgisch team. We strijden dus op drie niveaus. Als eerste strijden we als leden van het Radiation team onderling. Op deze pagina kan je bijvoorbeeld zien hij wij in verhouding tot elkaar presteren. Leuk, maar het wordt interessanter als we samen als team tegen andere teams strijden. Dat kan je hier zien. Als laatste nemen alle die subteams het samen tegen andere grote teams over de hele wereld op. DPC doet het leuk, maar nog niet goed genoeg. Vooral op dit laatste niveau gaat het er hard aan toe en is iedereen bloedfanatiek. 

Wat voor projecten zijn er dan nog meer?

Projecten zijn er in verschillende categorieën. De populairste categorie is waarschijnlijk medisch onderzoek. Ook zijn er projecten voor het bewijzen van wiskundige stellingen, natuurkundige simulaties en het kraken van codes, om prijzengeld binnen te halen. Enkele andere bekende distributed computingprojecten zijn:

• SETI@home - Bij dit project wordt informatie afkomstig van grote radiotelescopen onderzocht op sporen van intelligent buitenaards leven. Hoewel weinig mensen het nut van dit project inzien, is dit het project waarmee distributed computing popuplair is geworden.
• RC5 - RCA Labs heeft een wedstrijd uitgeschreven: degene die de encryptiecode kraakt wint 10.000 dollar. Bij dit project proberen ze met 'brute force' de code te kraken, iets waar verschrikkelijk veel rekenkracht kost. Wanneer de code gekraakt is zal het prijzengeld verdeeld worden onder goede doelen, de organisatie van het project en degene die de goede encryptiecode gevonden heeft.
• Folding@home - Ook dit project doet onderzoek naar het vouwen van eiwitten. Hier ligt de nadruk alleen op 'wanneer het vouwen mis gaat'. Ook met dit project doet men onderzoek aan ziekten zoals BSE en alzheimer.
• Seventeen or Bust - Dit project probeert het Sierpinski probleem op te lossen. Dit is een wiskundige stelling die wiskundigen al eeuwen bezig houdt. Door alle priemgetallen bij langs te gaan proberen ze het kleinste Sierpinski getal te vinden. Op de website kan je meer informatie over de stelling vinden.